Yüzme havuzlarını sağlıklı bir şekilde kullanabilmek ve %100 verim alabilmek için havuz temizliği çok önemlidir. Suyu yüzeyinde oluşan kir ve tozun havuzdan arındırılması gerekmektedir. Ayrıca çevresel faktörlerden kaynaklı olarak insan vücudundan gelen veya dışarıdan bulaşan birçok mikroorganizma insan sağlığına karşı tehdit oluşturmaktadır.
Özellikle açık havuzlarda kir, toz ve mikroorganizmalar su yüzeyine yapışırlar. Bu gibi benzer durumlardan dolayı kirlenmiş havuz suyu çevre ve insan sağlığı açısından yüksek kalite standartları içerisinde belirli periyotlarla temizlenmesi gerekmektedir. Havuzlar çeşitli etkenlere göre zaman içerisinde kirlendiği için filtreleme yöntemiyle yüzeydeki kirler filtreden geçerek havuz alt yapısında bulunan denge tankına aktarılır, filtrelemeden geçerek yeniden havuza aktarılarak sürekli devir daim sağlanır.
Filtreleme sistemi haricinde havuz hijyenini sağlamak için ayrıca haftalık ve aylık periyotlarda temizlik yapılmaktadır. Havuz içerisinde bulunan skimmerlar (filtreler) günlük olarak temizlenmeli kirden arındırılmalıdır. Haftalık olarak havuzun duvar tabanları temizlenmelidir. Havuzun kimyasal pH değerleri sürekli olarak kontrol edilmelidir.
Havuz belirli zamanlarda boşaltılmalı ve yeniden doldurulmalıdır, ancak 2.000, 3.000 tonluk havuzları boşaltıp tekrar doldurmak oldukça vakit olan bir yöntem olduğu için genellikle işletmeler havuzun belirli bir kısmını boşaltıp yerine taze su eklemesi yapmaktadır, günde 2 kez suyun pH değeri ölçülerek hijyeni sağlanmaktadır. Havuz suyunun bakımı belgelenmiş olmalıdır. Sağlık müdürlükleri havuzlu işletmelere yönetmelikler gönderir, bu yönetmeliklere göre havuz suyu için düzenli tetikler yapılır.
